Während des Krieges blieb der Verbundenheit im Verein ungebrochen: Schriftführer Jakob Jakober versandte die „Heimatgrüße“ mit den aktuellen Mitteilungen an die Front, die verbliebenen Kameraden und Frauen schickten Geschenke in Form von „Liebesgabenpaketen“. Und so oft sie konnten, trafen sich die Heimaturlauber im Vereinslokal.
Nachdem die Parteikapelle, der NS-Kreismusikzug, durch Weggänge 1940 spielunfähig geworden war, fielen deren Aufgaben ebenfalls der SA-Standartenkapelle, welche wieder auf 30-35 Mann anwuchs, zu.
Die (männliche) Zöglingsabteilung wurde 1941 mangels Beteiligung eingestellt. Dafür entstand ein Mädchenchor unter der Leitung von Karl Daur und Hans Kraus).
Mit 30 Musikern war die Kapelle die einzige vollumfänglich spielfähige der Region; viele andere stellten ihre Arbeit ein oder lösten sich auf.
1942/43 befanden sich bereits je 32 Aktive und Passive im Wehr- oder Polizeidienst.
1943/44 betrug die Besetzung des Blasorchesters noch 23 Mann plus zwei Vereinsfremde.
Mit einem Ausflug des Männerquartetts und des Kinderchors am 9. Juli 1944 ins obere Donautal nach Beuron endeten die Vereinsveranstaltungen dieser Art bis Kriegsende.
Die Treuekundgebung von Partei und Wehrmacht auf dem Münsterplatz am 21. Juli – ein Tag nach dem Stauffenberg-Attentat – scheint der letzte musikalische Einsatz des SA-Musikzugs 120 gewesen zu sein.
Infolge weiterer Einberufungen im September kam das Vereinsleben schließlich vollständig zum Erliegen; dazu die zahlreichen Luftangriffe, die in Ulm offiziell 1710 Todesopfer fordern sollten und anderes in den Vordergrund stellten. Als letztes Ereignis sind die vom Kinderchor begleitete Überführung und das Begräbnis des bei dem Bombenangriff am 13.9. im Brauereikeller verschütteten stellv. Vorsitzenden Lude vermerkt.
Das für die Söflingen schrecklichste Bombardement ereignete sich am 22. Februar 1945. Um 12:35 Uhr traf eine Sprengbombe den von Schutzsuchenden überfüllten „Sonnenbunker“, einen eher primitiven Unterstand bestehend aus zwei Betonröhren, darüber Eichenbalken zur Abdeckung und einer Gasschleuse. 173 Menschen verloren hier ihr Leben, 33 andernorts. (Unter den Toten waren auch Polizisten, die an diesem Tag über den Gebrauch von Panzerfäusten eingewiesen wurden und die Waffen samt Munition mit in den Luftschutzkeller nahmen…)
Am 4. März 1945 wurde bei einem weiteren Fliegerangriff das Vereinslokal, der „Ochsen“, durch Brandbomben zerstört und mit ihm die allermeisten Instrumente, Noten und Erinnerungsstücke.
Weil sich die Austritte (mit den natürlichen Sterbefällen) und die Eintritte in etwa die Waage hielten, sank die Anzahl der Vereinsmitglieder von 250 (Kriegsbeginn) auf nur noch 222 (Tag der Kapitulation).
Trotz aller Trauer, Zerstörung und Sorgen (Wohnung, Ernährung, Arbeit u. dergl.) fand nach Zustimmung des städtischen Kulturbeauftragten Kurt Fried bereits am 31. August wieder die erste Probe mit 14 Musikern, Dirigent und sechs Kameraden ohne Instrument im „Lamm“ statt.
Im Herbst erhielt der Musikverein leihweise Instrumente, Noten und Pulte der ehemaligen Kapelle der Wieland-Werke AG zugesprochen. Diese lagerten wenig sachgemäß auf der Bühne eines Bauernhauses in Reutti und waren teilweise schon von der Dorfbevölkerung in Beschlag genommen worden, konnten aber sichergestellt werden.
Ein Standkonzert Ende Oktober zum 25jährigen Vereinsbestehen scheiterte an den rigiden Bestimmungen der amerikanischen Militärregierung (mehrwöchige Anmeldefrist, Fragebogen zu jedem Musiker, Verbot von Marschmusik), am Jahresabschluß wurden aber die traditionellen Weihnachtsständchen bei Alten, Kranken und Verdienten – seit 1921 und nach nur einmaliger Unterbrechung 1944 – wiederaufgenommen.
Im Mai des folgenden Jahres fand das Blasorchester mit Stabsmusikmeister a.D. Emmo Mittmann einen neuen Dirigenten. Mittmann hatte 1937-44 das Musikkorps des Infanterie-/Jägerregiments 56 in Ulm geleitet und wurde ebenfalls 1946 als Chordirektor der „Städtischen Bühne“ verpflichtet. Seine Kenntnisse und Fähigkeiten ließen einen Anschluß an die früheren Leistungen erwarten. Ungebrochen schien die Anhänglichkeit der passiven Mitglieder: zu einem ersten Vereinsabend im Oktober konnte die Wirtschaft „Hochsträß“ (Fort Oberer Kuhberg) die zahlreich Erschienenen gar nicht alle fassen.
Doch weil das „Lamm“ schwer beschädigt war, ruhte die Blasorchesterprobenarbeit für genau ein Jahr, bis 1947 mit dem „Goldenen Bären“ am Westplatz vorübergehend ein neues Übungslokal gefunden war. Aus den Reihen des früheren Streichorchesters begann sich ein Quartett, dann ein Salonorchester zu formieren (im „Hochsträß“). Als einzige Abteilung hatte in dieser Phase die Singgruppe (Männerquartett, gemischter Chor) die physisch nie vorhandene Vereinsfahne hoch- und regelmäßige Übungsstunden in der „Glocke“ abgehalten.
Mit Fritz Schmidt hatte der Verein wieder einen 2. Vorsitzenden. Das Blasorchester zählte 30 Musiker, das Salonorchester 9, der Chor 17 Sängerinnen und 10 Sänger. Vorstand Andreas Jakober baute eine Zöglingsabteilung auf mit anfangs zwölf Jungen, meist im Alter 12-15.
Zu Jahresbeginn 1948 erfolgte der Wiedereintritt in den „Süddeutschen Musikerverband“.
Den ersten größeren Auftritt nach Kriegsende stellte die Frühjahrsunterhaltung im dichtbesetzten „Bräustüble“ mit allen Abteilungen und einigen Solisten dar. Bei diesem Anlaß wurde dem ehemaligen Dirigenten August von Nessen die Ehrenmitgliedschaft verliehen.
Am 8. Mai erteilte der noch amtierende Oberbürgermeister Robert Scholl dem Musikverein Söflingen die offizielle Genehmigung. Damit war die Vereinsarbeit wieder vollumfänglich möglich.
Kurz vor der Währungsreform zeigte sich die Stadt Ulm generös und gewährte eine Zuwendung von 3000 Reichsmark. Die Abwertung machte jedoch Besitzer von Sparguthaben und Bargeld zu Verlierern der Umstellung.
Immer mehr fand der Verein (232 Mitglieder) zu seiner früheren Aktivität zurück: unter anderem wurden Standkonzerte auf dem Gemeindeplatz (8.8.), Klosterhof (17.10.) und Ulmer Hauptwachplatz (24.10.) durchgeführt. Insgesamt absolvierten das Blasorchester 13, die Streichmusik 16 und die Singgruppe 10 Veranstaltungen. Auch die Zahl der aktiven Mitglieder wuchs stark an: Blasorchester 36 Mann, Streichmusik 14 Mann, Singgruppe 15 Sängerinnen und 14 Sänger, dazu die 12 Jungen umfassende Zöglingsabteilung.
Im Juli 1949 kam es in Söflingen zur Wiedergründung des Bezirks III Ulm-Donau des „Süddeutschen Musikerverbands“, wobei leitende Positionen (Vorsitzender, Schriftführer und Dirigent) mit den jeweiligen Söflinger Amtsträgern besetzt wurden.
Ab diesem Monat fanden die Musikproben wieder im renovierten „Lamm“ statt.
Unter der Beteiligung des Blas-, des Streichorchesters, der Singgruppe, der Zöglingsabteilung und der Theatergruppe erlebten die Weihnachtsfeiern ihren Wiederbeginn.
In diese Zeit fielen Engagements an der „Städtischen Bühne Ulm“, der Vorläuferin des Theaters Ulm: 1948 „La Bohème“ (Puccini), 1949+51+65 „Im weißen Rößl“ (Benatzky), 1950 „Der Bettelstudent“ (Millöcker) sowie 1951 „Monika“ (Dostal).
Auch für die Stadtverwaltung wurden nun regelmäßig Bürgerversammlungen musikalisch bereichert.